Est-il possible de remplacer seulement une partie du fichier js (asset) d'un autre plugin / thème?

Malheureusement non, vous pouvez retirer le fichier de la file d'attente comme le suggère la réponse aux autres questions et mettre votre propre version en file d'attente, sinon vous devrez le charger, puis essayer de modifier le code chargé au moment de l'exécution, ce qui n'est presque toujours pas faisable.